牙周病所引發的口臭、牙齦腫脹等症狀，讓人難以忍受，生活上也容易受到影響，嚴重時更可能導致牙齒喪失。為了有效控制和治療牙周病，牙醫師通常會採取三步驟的綜合治療方法，分別是基礎治療、牙周手術和維持治療。這三個階段密切配合，建立健康的牙周環境，讓患者保有健康、乾淨的口腔環境。

第一個步驟為牙周的基礎治療，醫師會先替患者進行深度的洗牙，將牙齒表面的牙結石透過超音波清潔機清洗乾淨，接著醫師會以牙根整平術將附著在牙根的牙菌斑與細菌刮除，令牙根回到光滑、整潔的狀態，並促使牙周組織開始癒合。最後要依靠患者自身的清潔與口腔習慣的維持，讓牙周能保持乾淨，才算完成第一階段的治療。

基本上經過一段時間的基礎治療，牙周病的狀況會有所減緩並加以控制，但若是原先的牙周病造成牙周組織損壞嚴重，就需要進到第二步驟「牙周手術」，醫生會執行牙周翻瓣手術，將藏匿在牙周囊袋深處的牙菌斑與牙結石徹底清除，同時調整因牙周病而呈不規則形的齒槽骨，使牙周能夠找回健康。另外，在治療前受損的牙周無法再生，因此醫生還會透過牙周再生手術，將骨粉、再生膜等生物材料，植入牙周缺少的部分，引誘牙周再生，回復牙齒支撐力與穩定度。

將牙周裡的病灶清除乾淨後，進入第三個步驟「維持治療」，為了讓牙周病不再復發，需要患者時刻保持口腔清潔，正確且勤奮的使用牙刷、牙線等物品，讓口腔能處在乾淨的狀態，但是僅依賴牙刷及牙線還是會有很多的細菌並未被排除，因此需要依照醫師制定的計畫，約3~6個月回診一次，讓醫師使用專業器械，替口腔做更全面的治療，防止牙周病再次攻擊牙周。

牙周病雖能透過醫師與患者的配合而改善，但是受損嚴重的口腔需要花費更大量的時間進行治療與照顧，因此平時就有良好的衛生習慣並定期至牙科診所檢查非常重要，畢竟牙周病若是過於嚴重，可能會導致牙齒無法穩固的保留在口腔中，造成更多衍生的問題。